Le territoire de Pierre-Perthuis s’étend sur environ 735 hectares et l’altitude maximum est de 218 m. Il est traversé par la Cure ainsi que par divers rus qui sont ses affluents. La formation géologique de la commune est très variée, elle comprend : du granite, de l’arkose, des roches siliceuses, des calcaires du Lias, des calcaires à entroques, un revêtement d’argiles tertiaires contenant des nodules de minerai de fer (limonite) et la vallée est tapissée d’alluvions anciennes. Les roches siliceuses sont abondantes et on peut y découvrir : de la barytine rose, de la fluorine, des géodes de quartz hyalin, de la galène ou plomb sulfuré argentifère et des carbonates de cuivre.
